לצנטריפוגות בוצה מגוון רחב של יישומים, המרוכזים בעיקר בתחומים הבאים:
טיפול בשפכים עירוניים: בסופו של תהליך טיהור שפכים, יש צורך לרוקן את הבוצה המופעלת המשוקעת, וצנטריפוגות הן אחד ממרכיבי הציוד המרכזיים למשימה זו.
טיפול בשפכים תעשייתיים: תעשיות רבות, כגון ייצור נייר, הדפסה וצביעה, עיבוד מזון, כרייה והתכת מתכות, מייצרות כמויות גדולות של שפכים תעשייתיים במהלך הייצור. גם את הבוצה הכלולה בשפכים אלו יש לרוקן ולהקטין את נפחה באמצעות צנטריפוגות.
חפירת נהרות ואגם: בעת חפירת משקעי קרקעית נהרות ואגמים, הבוצה המחוררת מכילה בדרך כלל כמות גדולה של מים. ניתן להשתמש בצנטריפוגות להתייבשות ראשונית ולהתמצקות של הבוצה.
תהליכים תעשייתיים אחרים: בכמה תהליכי ייצור כימיים ותרופות, נדרשת גם הפרדה-בנוזל מוצק של מוצרי ביניים או-מוצרי לוואי, וגם צנטריפוגות יכולות לשחק תפקיד בתהליך זה.
